Bu sorunun tek bir cümle ile yanıtlanması olası değildir. Hastalığın genetikten diyete, yemek borusunu döşeyen hücrelerdeki bozukluklardan mide fıtığına uzanan geniş bir neden listesi vardır.

Yemek borusu boğazdan mideye kadar ilerleyen erişkinlerde ortalama 25 cm boyunda tüp şeklinde bir organdır (ŞEKİL).

Görevi gıdaların ağızdan mideye nakledilmesidir. Mideyle birleştiği yerde yani alt ucunda buradaki kas yapılarının özelleşmesiyle ortaya çıkan ve normalde kapalı olan bir çeşit kapak sistemi bulunur. Sadece gıdaların mideye geçişi sırasında açılmalıdır. Böylece gıdaların ve midede bulunan asit ve diğer sindirimden sorumlu maddelerin yemek borusuna geri kaçarak hasar oluşturması engellenir. Alt uçtaki bu kapak dışarıdan karın ve göğüs boşluğunu ayıran diyafragma tarafından sarılır. Böylece ikili bir engelle yukarı kaçış engellenir. Eğer kaçış olursa yemek borusu aşağı doğru kasılarak içeriği yine mideye yollar. Ayrıca tükürük salgısı artırılarak tükürük içeriğinde bulunan asidi yok edici ve iyileşmeyi hızlandırıcı maddelerin katkısı sağlanır. Hatırlanması gereken bir nokta mide ve yemek borusu hücre yapılarının tamamen farklı olmasıdır.

Reflüye neden olan faktörler:

1. Mide fıtığı oluşması (Hiatal herni - ŞEKİL): Midenin bir kısmının diyafragmadaki küçük bir delik aracılığı ile karın boşluğundan göğüs boşluğuna yer değiştirmesidir. Genellikle uzun süreli reflü sonucu yemek borusunun kısalmasıyla mideyi yukarı çekmesinden kaynaklandığı düşünülmektedir. Mide fıtığı bir kere ortaya çıktı mı kendiliğinden veya ilaçla düzelmez.

2. Yemek borusu alt ucundaki kapağın yetersizliği ve açık kalması: uzun süreli reflü alt uçtaki kapağı bozarak hastalığın daha da ilerlemesine ve müzminleşmesine katkıda bulunur. Artık mide ile yemek borusu arasında bir engel kalmadığından serbest kaçış ortaya çıkar.
3. Yemek borusu kasılma bozuklukları: Uzun süreli reflü yemek borusu kasılmalarını bozar. Yutma güçlüğü oluşabilir. Ayrıca geriye kaçan asidin veya gıdaların yemek borusu tarafından temizlenmesi engellenir.
4. Dış faktörler: Alkol, sigara, ilaçlar, sıcak içecekler, aşırı yoğun içecek ve gıdalar, yaşlılık
5. Mide boşalımının gecikmesi gıdaların ve asidin midede uzun süre kalmasına ve kolay boşalamayan mideden yukarıya kaçmasına neden olabilir.
6. Reflüyü kolaylaştıran bazı hastalıklar (örneğin romatizmal hastalıklar)
7. Genetik faktörler son yıllarda gittikçe daha fazla ilgi çekmeye başlamıştır. Örneğin reflü hastalığı bulunan kişilerin kardeşlerinin eşlerine oranla daha fazla reflüsü bulunduğu gösterildi.

Eğer reflünün ortaya çıkış nedenlerini toparlarsak genetik yükü olan bir şahısta yemek borusuna zararlı dış faktörlerin katkısıyla (alkol, sigara, kolalı içecekler, aşırı sıcak yiyecek ve içecekler, bazı ilaçlar vs) yemek borusu hücrelerindeki bozulma ile başladığı söylenebilir. Zamanla bu bozukluk yemek borusu kaslarını etkiler ve yukarıda sayılan diğer faktörler (yemek borusu kasılma bozuklukları, alt uçtaki kapağın yetersizliği ve açık kalması, mide fıtığı gibi) devreye girer. Böylece hastalık ilerler ve bazen yemek borusu alt ucunda ülser veya bunun daha küçüğü erozyon adı verilen yaralara neden olur. Bazı hastalarda asidin yukarı doğru kaçışı gırtlak, boğaz ve ses tellerini etkileyerek reflünün boğaz sorunlarını oluşturur. Hastalığın ayrıca kalp ağrısına benzer bir göğüs ağrısı ile sürekli-dinmeyen öksürük oluşturabilir.